В годы Великой Отечественной войны Московский нефтяной институт имени И.М. Губкина прошёл через суровые испытания, он не только сохранил научную и образовательную деятельность, но и приумножил достижения. Уже в первый год войны стало очевидным не только необходимость увеличения выпуска военных инженеров, но и важность преобразования всей системы их подготовки, при этом ключевая роль в обеспечении армии и флота такими специалистами была отведена Московскому нефтяному институту имени И.М. Губкина как головному вузу отрасли. Студенты, преподаватели и сотрудники уходили на фронт, участвовали в строительстве оборонительных сооружений, а в мастерских института начали изготавливать противотанковые гранаты. Многие студенты сражались под Москвой, в Сталинграде, освобождали Европу, но далеко не всем удалось вернуться.

В октябре 1941 года институт был эвакуирован в Уфу. Здесь не было лабораторий, мебели, но занятия продолжались. Уже тогда стало очевидным не только необходимость увеличения выпуска военных инженеров, но и важность преобразования всей системы общества их подготовки, при этом ключевая роль в обеспечении армии и флота такими специалистами была отведена Московскому нефтяному институту имени И.М. Губкина как головному вузу отрасли.

Однако в период эвакуации института проведение кардинальной реорганизации работы военной кафедры оказалось невозможны и лишь в начале 1943 года, после разгрома немецких войск под Сталинградом, начался активный процесс преобразований.

Так в апреле 1943 г. в структуре МНИ имени И.М. Губкина появился военный факультет, насчитывавший около 400 слушателей.

В суровые зимы 1941 и 1943 годов студенты и преподаватели не только учились, но и расчищали железнодорожные пути, чтобы поезда с ранеными и боевой техникой могли двигаться дальше. Несмотря на тяготы, число студентов выросло вдвое, а научная работа не останавливалась. В эти годы была открыта высокодебитная девонская нефть в Волго-Уральском регионе, что впоследствии обеспечило СССР новый нефтяной центр — «Второе Баку».

В 1943 году институт частично вернулся в Москву, а уфимский филиал продолжил работу и в 1948 году стал самостоятельным вузом. За годы войны Губкинский институт подготовил сотни инженеров, внёс весомый вклад в науку и экономику страны. В 1945 году вуз был награждён орденом Трудового Красного Знамени, а десятки его сотрудников получили государственные награды.

Во время Великой Отечественной войны нефть и газ стали стратегически важными ресурсами, обеспечившими топливом военную технику и промышленность. В 1943 году немецкое командование пыталось уничтожить нефтепромышленность Поволжья, но советские заводы в Ярославле, Горьком и Саратове продолжили работу, снабжая фронт и тыл горючим. После победы в Курской битве началось восстановление нефтяной отрасли. Несмотря на спад добычи, СССР сумел мобилизовать ресурсы и развить новые месторождения. В Поволжье было открыто Елшанское газовое месторождение, а в Куйбышевской и Оренбургской областях построены магистральные трубопроводы.

Важную роль сыграл и природный газ. Если до войны его значение недооценивали, то в условиях дефицита топлива началась активная газификация промышленности. В 1942 году Саратовская область подключила предприятия к газопроводу Елшанка (Саратов), а позднее был построен 165-километровый трубопровод в Куйбышеве и Оренбурге.

Несмотря на потери и эвакуацию предприятий, советская нефтегазовая промышленность обеспечила армию топливом, став одним из ключевых факторов Победы. Война также стала стимулом для технологического развития отрасли, заложив основу будущих прорывов в нефтедобыче и переработке.

Владимир Виноградов, как и другие студенты-губкинцы, имел бронь и призыву в армию не подлежал. Нефтяникам хватало работы и в тылу. Однако в сентябре 1941 года он вместо того, чтобы готовиться к эвакуации, явился в военкомат и записался добровольцем. Служил Владимир Виноградов во второй дивизии московских рабочих (позднее — 155 стрелковая дивизия) в качестве командира отделения. В октябре 1941 года он принимал участие в боях за оборону Москвы, а в 1942 году — в боях на Калининском фронте под Ржевом, где получил тяжёлое ранение обеих ног, был демобилизован по инвалидности и восемь месяцев лечился в госпитале. Из сокурсников В.Н. Виноградова с войны не вернулся почти никто.

В 1943 году В.Н. Виноградов вернулся в институт, но учиться на геолога из-за ранения уже не мог. Владимир Виноградов перевёлся на нефтемеханический факультет и возобновил активную студенческую жизнь. В 1950 году он окончил институт, активно занимался комсомольской работой.

После аспирантуры остался преподавать, прошёл путь от старшего преподавателя до ректора, возглавляя институт более 30 лет.